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大棚秋延后辣椒于20世纪90年代开始种植，栽培面积不断扩大。但由于多年连作，造成一些病害发病严重，根腐病是较重的一种，其病株率达到40%～60%，严重的几乎绝收。
主要发生在大棚秋茬和温室秋冬茬。大棚秋茬坐果后开始发生，温室秋冬茬定植后开始发生。初发病时仅大苗茎基部以及上下2至5厘米处呈水浸状，后边褐色至灰褐色或者暗褐色，湿度大时病部生有白色棉絮状霉层。
一、 发病与环境
①温湿度 一般情况下，秋冬季棚内白天温度较高，夜间温度较低，空气相对湿度较大，在病原菌存在的情况下发生较重。
②栽培管理 粮菜间作、高垄地膜覆盖、单株定植发病轻，与茄果类蔬菜连作发病重。辣椒根腐病的发生与灌水方式、灌水量、灌水时间有直接关系，晴天上午浇灌发病轻，阴雨天大水漫灌发病重。
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二、防治技术
1.高温闷棚杀菌：当辣椒拉秧后，在7～8月份进行高温闷棚。方法是将切碎的麦草和50公斤生石灰均匀撒在地里，铺上废旧地膜后灌水闷棚15～20天，可使棚内5～10厘米土层温度达到40℃以上，可有效杀灭土中的多种病原菌。
2.管好育苗床：移栽定植时选用无病健苗。
3.移栽时，定植穴内施药土。药土的配制是400克多菌灵与100公斤细沙混匀，每穴放上5克左右即可。
4.合理灌水：辣椒生长期控制浇水量，既防止干旱引起根系受伤，又可防止大水漫灌而引起沤根。
5. 播种前采用em菌原液浸泡种子，杀灭种子中的有害菌。
6.发病初期开始喷洒或浇灌300倍稀释的em菌原液，注意一定要让药液流入土内，湿润茎基部土壤，10天1次，2～3次即能收到较好的防效。
